Európa legsötétebb századában történt, hogy egy látnok pápa fellobbantotta az első keresztes hadjárat lángjait, és egyetlen cél zászlaja alatt egyesítette a rivalizáló nemzeteket: hogy meghódítsák a Szentföldet. A Crusaders: Thy Kingdom Come e nagyszerű hadjárat történetét meséli el küldetésről küldetésre, egy kiválasztott lovag szemszögéből, krónikáját adva annak, hogyan küzdötte egyre feljebb magát a ranglétrán, és tett szert egyre több hatalomra és vagyonra a Konstantinápolytól Jeruzsálemig tartó úton.
- Hősök — A Crusaders: Thy Kingdom Come öt nevezetes személy közötti választást kínál, akik a középkori Európa öt nagy nemzetéből származnak, és mindegyiküknek eltérő háttere, vagyona, harci képzettsége, céljai és vágyai vannak. A központi karakter fokozatos fejlődése a szerepjátékokból ismerős módon történik: tapasztalatot és rangot gyűjt, és egyre erősebb és hatékonyabb lesz. Mindegyik hősnek eltérő képzettségei vannak, melyek mindegyiket, még az ugyanabból a nemzetből származókat is, eltérővé teszik, ha valaki úgy dönt, hogy újra legelölről kezdi a játékot. Az öt főhős eltérő képzettségei és induló erőforrásai miatt különböző harctéri taktikákra van szükség, és számos utat kínálnak a végső győzelemhez.
- Hatalmas hadseregek hatalmas csatatereken — A Crusaders: Thy Kingdom Come igen változatos terepeket kínál, melyek felidézik azon távoli vidékek légkörét, melyeken át a keresztesek Jeruzsálem felé meneteltek, a mediterrán fenyvesektől a Szentföld kopár sziklasivatagaiig. A topográfiai elemek (dombok, völgyek, emelkedők, stb.) jelentősen befolyásolják a taktikát, és a csaták kimenetelét. Ez az első olyan RTS is, melyben a fizika a játék egyik legfontosabb tényezője (ahol a sziklák legördülnek a domboldalon, és ellenségek sorait nyomják agyon, repítik a levegőbe és lökik félre). Az időjárási és látási viszonyok dinamikusan változnak, ami nem csupán látványelem, de a játékmenetre is hatással van, konkrétan a különféle egységek képességeire, és a tetteik eredményeire.
- Igazgatás — Az igazgatási fázis a küldetések között zajlik. Az igazgatási képernyőn különféle módokon lehet kezelni a katonákat, foglalkozni a támogató karakterekkel, fejleszteni a hősöket, elkölteni a megszerzett dukátokat vagy elosztani a fegyvereket a katonák között, és összeállítani a hadsereget a követező csatához. A hős növekvő serege minden csata után egyre nagyobb és halálosabb lesz. A katonák tapasztalatot gyűjtenek (csakúgy, mint a legendás Panzers-ben), és a játékos is vehet nekik képzettségeket. Számos csata végigharcolása után ugyanazzal a megszokott csapattal a játékos hajlamos lesz óvatosabban bánni veteránjaival, mint a legtöbb más RTS-ben, aminek jelentős hatása van a taktikára is.
- Frakciók — A játékban szereplő keresztes hadsereg szinte ugyanannyira megosztott, mint a valódi volt. A hadsereg különböző hatalmi csoportjait frakcióknak nevezik, melyek mindegyikét egy erős nemzet irányítja, és melyek különböző juttatásokat kínálnak szövetségeseiknek. A játékosnak gondosan kell eldöntenie, melyik frakciót részesíti előnyben, mert ahogy az egyik nemzettel erősíti kapcsolatait, lassan elhatárolódik a többitől; a hű szövetséges azonban értékes jutalmakat kap, például dukátokat, speciális egységeket és képzettségeket, és végül egy új, egyedi hőst.
- Hit és relikviák — A Crusaders: Thy Kingdom Come-ban a hit annak a vallási háttérnek az idealizált koncepciója, mely elindította és törvényesítette a katonai hadjáratot. A hitnek erős befolyása van az általános morálra. A keresztény relikviák szoros kapcsolatban állnak a hit-pontszámmal: minél magasabb egy hős hite, annál hatékonyabban növelik e relikviák a képességeit. Mindegyik hős egyedi hit-pontszámmal kezd, mely a játék során a döntései alapján nőhet vagy csökkenhet.
- Történelmi hitelesség — A Crusaders: Thy Kingdom Come annyira hű igyekszik lenni a választott történelmi korszakhoz, amennyire az számítógépes játékban csak lehetséges, amihez néhány megszorításra és elkerülhetetlen változtatásra van szükség. A támogató karakterek színes során keresztül létező történelmi személyeket mutatunk be a korszakból negatív karakterek, szövetségesek vagy vazallusok szerepében.